Muzeum vystavuje sbírky starožitností a uměleckých děl od starověku po současnost. Ve sbírkách má asi 70 tisíc objektů, z nichž je asi 20 tisíc vystaveno. Je to šesté nejnavštěvovanější muzeum na světě. Celý komplex je postaven na rozloze 55 000 m2. V dnešní době je přístupno 47 000 m2 expozic na trasách o délce 7 km. Součástí prohlídky je i světoznámá Sixtinská kaple, kterou prohlídka obvykle končí.
Sixtinská kaple je kaple Apoštolského paláce ve Vatikánu. Stojí na sever od Baziliky svatého Petra, s níž je spojena Královským schodištěm, pro turisty je však přístupná pouze přes Vatikánská muzea. Je známá hlavně kvůli vnitřní výzdobě od největších renesančních umělců, včetně Michelangela, který vymaloval strop a výjev Posledního soudu. V kapli se konají také volby papežů, konkláve.